Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Методы биоинформатики для изучения структуры и функций неупорядоченных белков
Предсказание неупорядоченности
Графики “заряд-гидрофобность”

Классический подход при оценке статуса белка в отношении неупорядоченности основан на наблюдении Уверского, согласно которому сочетание низкой средней гидрофобности и высокого общего заряда отличает БПН от других белков. Этот принцип просто применить, построив график зависимости общего заряда от общей гидрофобно сти (Uversky et al. 2000), либо в координатах “заряд/Гидрофобность”, либо в координатах Уверского. На графике БПН обычно располагаются в области с высоким общим зарядом и низкой общей гидрофобностью. Они отделены от глобулярных белков линейной функцией, которая задается формулой <заряд> =2,743* <гидрофобность> - 1,109 (рис. 5.1) и была определена с высокой точностью в более раннем исследовании (Oldfield et al. 2005а). Ограничение графика “заряд/гидрофобность” состоит в том, что он лишь дает возможность бинарной классификации белков, не предоставляя информации на аминокислотном уровне разрешения. Чтобы решить эту проблему, Суссмани и его коллеги экстраполировали описанный принцип (Prilusky et al. 2005), применяя метод скользящего окна к белковой последовательности для расчета средней гидрофобности и общего заряда и предсказывая таким образом неупорядоченность среднего остатка (Индекс укладки, рис. 5.2).