Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Интегральные серверы для предсказания функции по структуре
Заключение

Мы рассмотрели здесь ProKnow и ProFunc, два интегральных сервера, использующие сочетание основанных на совпадении последовательности и структуры методов для того, чтобы попытаться предсказать функцию белка по его пространственной структуре, загружаемой на эти серверы. В большинстве случаев они оказываются в состоянии сделать некоторые предположения относительно возможной Функции, хотя в некоторых случаях они могут быть весьма расплывчатыми (например, ДНК-связывающая активность). В других случаях, однако, все их методы ничего не находят и терпят полную неудачу. Наиболее интригующими являются случаи структур принадлежащих к неохарактеризованным семействам, обладающим новыми типами укладок. Так, все, с чем может остаться любой исследователь, это понимание того, что структура имеет интересного вида углубление на своей поверхности, выложенное высококонсервативными остатками, но без каких-либо идей относительно того, что в этом углублении может связываться. Подобные случаи нуждаются в создании новых методов и включении их в существующие серверы. Наиболее полезными стали бы методы, которые могут предсказывать вероятный субстрат для данного белка на основе анализа одной лишь его структуры. То есть методы не должны полагаться на совпадение с существующими структурами, поскольку, как в случае новых типов укладки, таких совпадений нет по определению. В настоящее время такие методы очень ресурсоемки и обычно стартуют по меньшей мере с каких-либо соображений по поводу класса субстрата (например, Hermann et al. 2006). Итак, еще какое-то время предсказание Функции белков продолжит полагаться на искусное выслеживание и логические Выводы.