Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Методы биоинформатики для изучения структуры и функций неупорядоченных белков
Предсказание неупорядоченности
Для предсказания неупорядоченности достаточно сокращенного алфавита

Чтобы подчеркнуть ключевые аспекты физических принципов, лежащих в основе неупорядоченности, было показано, что упорядоченные Белки можно отличать от неупорядоченных по сокращенному алфавиту, т.е. с помощью кластеризации 20-ти аминокислот в меньшее количество трупп (Weathers et al. 2004). Было установлено, что алгоритм, основанный на методе опорных векторов, анализирующий аминокислотный состав, имеет точность прогнозов 87±2%. Это свидетельствует о том, что основной чертой, определяющей неупорядоченность, является аминокислотный состав. Последовательное значительное уменьшение области параметров за счет кластеризации физически/химически схожих аминокислот, однако, не оказывало влияния на точность прогнозов, вплоть до 4 векторов, описывающих 20 аминокислот (84±2%). В соответствии с описанными ранее положениями, состав и относительный вес векторов свидетельствуют о том, что первичными детерминантами неупорядоченности структуры являются не специфические Аминокислоты, а общие физико-химические свойства белка.