Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Сравнительное моделирование структуры белков
Применение сравнительного моделирования
Моделирование одиночных белков

Сравнительное моделирование часто является эффективным способом получения полезной информации об интересующих белках. Так, сравнительные модели могут быть полезны при разработке генетических экспериментов, таких как создание мутантов для проверки гипотез функционирования белка (Vernal et al. 2002; G Wu et al. 1999), определение активных центров и сайтов связывания (Sheng et al. 1996). Модели полезны при изучении белок-белковых взаимодействий, а также взаимодействий белков с лигандами, разработке ингибиторов, например, поиске, разработке и усовершенствовании лигандов для данного участка связывания (Ring et al. 1993), моделирования субстратной специфичности (L. Z. Xu et al. 1996), предсказания эпитопов антигенов (Sali et al. 1993), моделирования белок-белкового докинга (Vakser 1995). Модели могут выявить физико-химические особенности, которые невозможно предположить на основе одной только информации о последовательности. Например, Выводы о Функции белка можно сделать на основании рассчитанных значений электростатического потенциала вокруг белка (Sali et al. 1993); примерами также являются общее уточнение и объяснение известных экспериментальных данных (Fiser et al. 2003). Модели также весьма полезны при повышении качества структур, поскольку облегчают молекулярную замену при определении структур методом рентгеновской спектроскопии (Schwarzenbacher et al. 2008), уточнении моделей, основанных на ЯМР-ограничениях (Barrientos et al. 2001), подтверждении отдаленных структурных взаимосвязей (Guenther et al. 1997; G Wu et al. 1999).