Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Интегральные серверы для предсказания функции по структуре
ProKnow
Структурные мотивы

После стадии поиска совпадающих укладок пространственная Структура белка просматривается на предмет каких-либо структурных мотивов, имеющих прямое отношение к функционированию. Такие мотивы содержатся в базе данных автоматически созданных структурных мотивов RIGOR (Kleywegt 1999). Каждый мотив состоит из “интересного” расположения остатков в PDB-структуре. Для отличия интересных остатков от неинтересных используются три правила: (а) белок содержит n последовательных остатков одного типа (например, четыре последовательных остатка аргинина), (б) ряд соседних остатков целиком гидрофобен, или полярен/заряжен, или является сочетанием гидрофобных и полярных/заряженных, и (в) все остатки, находящиеся в контакте с одним гетеросоединением. ProKnow использует более 10 000 мотивов из базы RIGOR, с каждым из которых связан ГО-терм для соответствующей цепи белка.



Последнее обновление: 05/02/2024

Редакционная и учебная адаптация: Данный материал сведен на основе первоисточника/оригинального текста. Команда проекта осуществила редакционную обзорную обработку, исправление технических неточностей, структурирование разделов и адаптацию содержания к учебному формату.

Что было обработано:

  • устранение форматных дефектов (OCR-ошибки, разрывы структуры, дефектные символы);
  • редакционное упорядочивание содержания;
  • унификация терминов в соответствии с академическими источниками;
  • проверка соответствия фактических утверждений текста первоисточнику.

Все упоминания об авторе, годе издания и происхождении первичного текста сохранены в соответствии с источником.