Структура и функционирование белков. Применение методов биоинформатики - Джон Ригден 2014

Предсказание функции белка по свойствам его поверхности
Способы представления поверхности
Молекулярная поверхность (поверхность без растворителя)

Более практичное представление поверхности - это так называемая молекулярная поверхность, известная также как поверхность Коннолли (Connolly, 1984). Эта поверхность образована точками контакта молекулы растворителя (обычно воды), которая моделируется сферой радиуса 1.4 Å, катящейся по поверхности Ван-дер-Ваальса. Молекулярная поверхность аналогична ван-дер-ваальсовой поверхности в том, что области, недоступные растворителю, скрыты вогнутыми поверхностями (рис 7.1). Как следствие, молекулярная поверхность представляет собой непрерывную функциональную поверхность молекулы, т.е. поверхность, доступную для взаимодействия.

Image

Рис. 7.1 Варианты представления поверхности: ван-дер-ваальсова поверхность; молекулярная поверхность; Поверхность, доступная растворителю (ПДР)



Последнее обновление: 05/02/2024

Редакционная и учебная адаптация: Данный материал сведен на основе первоисточника/оригинального текста. Команда проекта осуществила редакционную обзорную обработку, исправление технических неточностей, структурирование разделов и адаптацию содержания к учебному формату.

Что было обработано:

  • устранение форматных дефектов (OCR-ошибки, разрывы структуры, дефектные символы);
  • редакционное упорядочивание содержания;
  • унификация терминов в соответствии с академическими источниками;
  • проверка соответствия фактических утверждений текста первоисточнику.

Все упоминания об авторе, годе издания и происхождении первичного текста сохранены в соответствии с источником.