Принципы структурной организации белков - Г. Шульц 1982

Модели, изображение и документация белковых структур
Абстрактные представления о свертывании цепи
Заключение

Структуры белков содержат громадный объем информации, записанной в виде наименований и координат многих тысяч атомов. Такое количество данных может быть обработано только с помощью электронно-вычислительной техники. Однако поскольку исследователь должен оценивать, сопоставлять и усваивать обработанные структурные данные, необходимы наглядные изображения пространственных структур. Такие представления должны передавать в основном только те структурные особенности, которые важны при конкретном исследовании. Предельно упрощенной моделью пространственного строения белка является структурный макет.

Применяющиеся описания структур можно классифицировать в соответствии с их размерностью. Трехмерные модели расположения атомов и связей наиболее удобны при исследованиях взаимодействий белка с лигандами, например субстратами и кофакторами или другими молекулами. Очевидно, что, если в течение длительного времени ведется работа с определенным белком, структура которого известна, имеет смысл построить модель этого белка по координатам атомов. При предоставлении материала в печати используются двумерные изображения. С помощью некоторых двумерных изображений можно получить трехмерное представление, пользуясь, например, стереорисунками или проецируя вращающийся объект на телевизионный экран. Помимо моделей, фиксирующих положение атомов и цепей белка в пространстве, существует целый ряд представлений, большей частью двумерных или даже одномерных, с помощью которых можно описывать различные аспекты строения или функционирования белка.