Protein Structure and Function. Application of Bioinformatics Methods - John Rigden 2014

Ab initio Protein Structure Prediction
Conformational Search Methods
Mathematical Optimization

Поисковый алгоритм а-ветвей и границ (a branch and bound, аВВ), предложенный Флудасом с коллегами (Klepeis and Floudas 2003; Klepeis et al. 2005), является уникальным в том смысле, что он математически точен, тогда как все остальные методы, обсуждавшиеся в этом разделе, являются стохастическими и эвристическими. Пространство поиска последовательно делится на две половины, в то же время определяются нижняя и верхняя границы (НГ и ВГ) глобального энергетического минимума для каждой области фазового пространства. Верхняя граница - это просто лучшее из недавно определенных значений локального энергетического минимума, а оценка для нижней границы делается на основе модифицированной энергетической Функции, увеличенной на квадратичный член рассекающих переменных с коэффициентом а (отсюда название аВВ). При высоком значении а модифицированная функция энергии имеет лишь один энергетический минимум, значение которого служит нижней границей. Рассечение фазового пространства сопровождается оценкой НГ и ВГ для каждого рассеченного фазового подпространства. Фазовые подпространства, НГ которых выше глобальной ВГ, исключаются из поиска. Процедура продолжается до момента Structure/97.html">Определения глобального минимума посредством определения фазового подпространства, для которого НГ совпадает с ВГ. В случаях, когда удается найти решение, полученный результат является математически точным, однако метод все еще не используется для больших белков с большим числом степеней свободы.